Im Jahr 1519 wurde im Rahmen eines Judenpogroms der damalige jüdische Friedhof zerstört. Die jüdischen Grabsteine – die sog. Judensteine – wurden von den christlichen Bürgern als Trophäen verwendet. Der Stadtrat Albrecht Altdorfer setzte einen solchen Judenstein in sein Gartengrundstück an der Weitoldstraße. Als sein Geburtshaus im Jahr 1909 abgerissen wurde und dem Neubau einer Turnhalle für die Kreuzschule weichen musste, wurde dieser Judenstein in die Nord-Ost-Ecke des Schulgebäudes der Kreuzschule eingemauert und gab dem davor liegenden Platz den Namen „Platz am Judenstein”.
Die Stadtbevölkerung sprach dann ab 1955 inoffiziell von der „Mittelschule am Judenstein”, ab 1965 von der „Realschule am Judenstein”. Erst im Jahr 1982 wurde der bis dahin offizielle Name „Staatliche Realschule Regensburg I” auch von Amts wegen durch „Realschule am Judenstein” ersetzt. Nicht zuletzt aus der Wahl dieses Schulnamens heraus ist zwischen der Realschule am Judenstein und der jüdischen Gemeinde Regensburgs eine langjährige, freundschaftliche Beziehung erwachsen, für die unsere Schule dankbar ist.