Die Realschule am Judenstein nahm zu Beginn des Schuljahrs 1955/56 im Gebäude der Kreuzschule mit drei Klassen den Unterrichtsbetrieb auf.
Aufgrund des großen Zuspruchs musste die Schule bereits im Jahr 1963 geteilt werden: Die zweite staatliche Realschule in Regensburg - die Albert-Schweitzer-Realschule - kam hinzu. Die Schule musste über viele Jahre ihren Betrieb auf mehrere Gebäude verteilen. Im Schuljahr 1981/82 gelang es erstmals, nach einer teilweisen Sanierung und eines teilweisen Neubaus des Stammgebäudes alle Klassen unter einem Dach zusammenzufassen. Im Jahr 1982 wurde der Schule der offizielle Name "Realschule am Judenstein" durch den israelischen Botschafter verliehen. Im Schuljahr 1995/96 erfolgte eine weitere Sanierung, nämlich die des bei der ersten Sanierung ausgesparten Gebäudeteils. Diese führte zu einer weit überdurchschnittlichen technischen Ausstattung der Klassenzimmer.
Das Bayer. Staatsministerium für Unterricht und Kultus erhob die Realschule am Judenstein im Jahr 1996 zur Seminarschule für die Ausbildung von Realschullehrern. In den Jahren 1997 bis 2004 wurde in Zusammenarbeit mit dem Lehrstuhl für Schulpädagogik der Universität Regensburg und dem Pädagogischen Institut der Stadt Nürnberg eine Schulentwicklung zur systematischen Verbesserung der Schulqualität durchgeführt. Im Jahr 2000 wurde die Realschule am Judenstein sechsstufig.
Buch zur Geschichte der Schule am Judenstein
Zum 60. Jahrestag des Bestehens unserer Schule wurde von Herrn Dr. Spateneder eine hervorragende Ausstellung zu unserer Schulgeschichte angefertigt. Ab diesem Zeitpunkt war klar, dass ein Buch mit der Geschichte der Realschule am Judenstein folgen musste. Hierbei hatten wir doppeltes Glück. Erstens: Die Unterlagen unserer Schulgeschichte wurden seit der Gründung unserer Schule im Jahr 1955 kontinuierlich gepflegt (manchmal mehr, manchmal weniger) und sind weitgehend erhalten. Zweitens: Mit Herrn Dr. Spateneder fand sich ein hoch kompetenter Mitarbeiter, der sich mit vorbildlichem Einsatz, durch die Archive wühlte, zu Zeitzeugen Kontakt aufnahm, mit unglaublichem Zeitaufwand nach Dokumenten recherchierte und mit unermüdlichem Engagement und liebevoller Kleinstarbeit das Buch „Schule am Judenstein“ erstellte. Ich möchte mich an dieser Stelle ganz herzlich bei Herrn Dr. Spateneder für seine herausragende Arbeit bedanken. Es ist ein einzigartiges Werk entstanden, denn wohl keine Schule (so vermute ich) hat ihre Schulgeschichte derart fundiert dargestellt. Dieses Werk gibt unserer Schule ein Fundament und schafft Identität. Es ermöglicht, sich noch stärker mit unserer Schule zu identifizieren, und gestattet, eine grundlegendere Einordnung für die Vorgänge an unserer Schule, den jeweiligen Zeitgeist und die Schulentwicklung generell. Außerdem ist die Realschule am Judenstein eine wichtige Regensburger Institution, sodass unsere Schulgeschichte auch ein kleiner Teil der Regensburger Geschichte ist.